यो शहर बनेपा सातगाउँ मध्येको एक ऐतिहासिक शहरको रुपमा चिनिन्छ । श्रीखण्डपुर सहरको नाम कसरी रहन गयो भन्ने बारेमा ऐतिहासिक तथ्य अनुसार यो ठाउँ पहिले श्रीखण्डको बोट भएको एउटा डाँडोको रुपमा थियो । पछि विभिन्न ठाउँका मानिसहरु बसाई सरी आउने क्रम सँगै यस ठाउँमा रहेका श्रीखण्डको बोटहरु काटी बस्ती बसाल्ने काम भयो । यसरी श्रीखण्डको बोट काटी बसालेको शहर भएकोले यसको नाम श्रीखण्डपुर रहन गएको भनिन्छ ।यस शहरको मध्य भागमा श्रीखण्डको बोट काटी बाँकी रहेको फेदलाई छोपी एक चैत्य निर्माण गरेको भन्ने भनाई पनि छ ।यस चैत्य अहिले पनि यथास्थानमा छ । यस श्रीखण्ड बाट दिपंकर बुद्धको मुर्ती बनाइको थियो ।
हिम्वत खण्डमा बताइए अनुसार चौंसठ्ठी शिवलिङ्गमध्ये छ वटा शिवलिङ्ग काभ्रे जिल्ला छन् ।धनेश्वर शिवलिङ्ग श्रीखण्डपुरको पश्चिम दिशामा छ ।यो उग्रतीर्थ हो र यो ठाउँलाई चाहिँ रौद्रगिरी पर्वत भनिन्छ ।नेपाल महात्मय अनुसार धनेश (कुबेर) ले धनेश्वर नामको लिङ्ग स्थापना गरे । कलियुगमा जसले धनेश्वर महालिङ्गलाई हेर्नेछन् हे तपोधन ! ती निश्चय नै धनाढ्य (धनी) हुनेछन् ।त्यही महात्मयमा धुलिखेलको गौखुरेश्वरको विषयमा जस्तै धनेश्वरका सम्वन्धमा यसरी उल्लेख भएको पाइन्छ ।
कामधेनुस्ततो लिङ्गम् सर्वकामफलप्रदम ।
नाम्ना संस्थापयामास खुरेश्वरमनुत्तमम् ।।
(अ.५. श्लोक ७ )
धनेश स्थापयामास धनेश्वरमिति ध्रुवम् ।
(अ.५. श्लोक ५ )
श्रीखण्डपुरमा कहिले देखि वस्ती बसाल्यो भन्ने बारे यकिनका साथ भन्न नसकिएपनि केहि शिलालेखरु का अनुसार यहा लिछाबिकालिन अगाडी नै बस्ति बसालेको भएपनि मल्लकालमा व्यवस्थित सहरको रुपमा विकसित भएको अनुमान छ।
९२३ वर्ष अगाडि व्यवस्थित तवरले यश श्रीखण्डपुरको बसालेको भएपनी यो शहर किरातकाल पछि लिच्छविकालमा नै अस्तित्व थियो भन्ने प्रमाणहरु छ्न । किरातकालिन समयमा बनेपालाइ भुजुङ्ग , साङ्गा लाई शङ्गा ,खोपासी लाई कुर्पासी भने झै यश बस्तिलाइ खन्पु भनिन्थ्यो । साथै श्रीखण्डपुरलाइ " खम्पुर " भनी उल्लेख गरेको पनि पाइन्छ । श्रीखण्डपुर वरपर का साङ्गा नाला बनेपा पनौती खोपासी मा किराँत कालिन प्रमाणहरु भेटिएकोले यी शहर बिच रहेको श्रीखण्डपुर पनि किराँत कालतका नै अस्तित्वमा रहेको आभास मिल्छ ।
मल्ल्कालमा आएर बस्तिको वृद्धि भइ श हरको रुपमा विकास भएको पाइन्छ । भाषा वन्सावली अनुसार यश श्रीखण्डपुरलाइ राजा आनन्द देवले कलिगत वर्ष ४१९७ ( वि स ११५३ ) मा बनेपा सातगाउ बसाल्ने क्रममा व्यवस्थित बनाएका थिए । उक्त समयमा साना साना छरिएको बस्तिहरु लाई मिलाएर बस्ती बनाउने क्रममा चण्डेश्वरी पिठ नजिकै बनेपा प्रयागतिर्थ नजिकै पानवती (पनौती) नाला भगवती नजिकै नाला नारायण स्थान नजिकै धौखेल (धुलिखेल) चकोर ऋषिको आश्रम नजिकै चौकोट र नासिका पिठ नजिकै साङ्गा जस्तै धनेश्वर पिठ नजिकै चारै दिशा मा चार ढोकाहरु र चारवटा पोखरिहरु बनाइ श्रीखण्डपुर शहर बनाएका थिए ।उनले देव देवता का मन्दिर बनाइ पुजा रितिरिवाज चलाउन गुठिको व्यवस्था गरिदिएका थिए ।मल्लकालमा आएर देव मन्दिरमा बजारमा ढुङ्गा छाप्ने इट्टा छाप्ने गरि बाटो व्यवस्था गरेको पाइन्छ । यो शहर मल्लकालिन समयमै व्यव्स्थित ढंगले स्थपित भैसकेको थियो ।यस शहरको पुर्व्पट्टि लायकु दरबार थियो । पहिले तीन तल्ला भएको यो दरबार भत्किएको सोही ठाँउ मा हाल दुई तल्ले भवन जसमा वडा कार्यालय संचालन गरिएको छ ।
यक्ष मल्लले भक्तपुरमा राज्य गरेको बखत भक्तपुर राज्य पुर्व तर्फ का सात गाउँ बनेपा साङ्गा नाला श्रीखण्डपुर पनौती खोपासी धुलिखेल लगायत वरपरका स साना शहर बजार गाउँ मा पनि राज्य गरेको पाइन्छ । यक्ष मल्ल पछि उनका साहिला छोरा रण मल्लले बनेपालाइ राजधानी वनाइ यश भेग मा राज्य गरेका थिए ।रण मल्लको मृत्यु पशचात पृथ्वी नारायण शाहले नेपाल एकिकरण नगरे सम्म बनेपा सात गाउँ भक्तपुर राज्री अन्तर्गत रहि रह्यो ।
पृथ्वीनारायण शाह का फौजले धुलिखेल माथी विजय हासिल गरेको भोलिपल्ट वि.सं. १८२० कार्तिक 11 सोमवार का पनौतीका साथै खड्पु माथी अधिकार जमाए ।